孔子之时，周室衰微而礼乐废弛，诗书散缺。孔子追迹夏、商、西周三代之礼，序书传，上起唐虞，下至秦穆，编次其事。孔子曰：“夏礼吾能言之，杞不足征也；殷礼吾能言之，宋不足征也。”杞、宋二国是夏、殷之后，孔子的意思是夏殷之礼吾能说之，杞宋之君不足以成也。
孔子说观殷、夏之所损益，根据以往类推后世，“后虽百世可知也”，又说“以一文一质。周监二代，郁郁乎文哉。吾从周。”监，视也，意思是周之文章备于夏、殷二代，故当从周也，《书传》、《礼记》都是孔子编定的。孔子曾对鲁国的乐官太师说，音乐是可以通晓的，我从卫国返回鲁国之后，就开始订正诗乐，使《雅》、《颂》各得其所。
古代传下来的《诗》有三千多篇，到孔子时，他删掉重复的部分，选取其中合乎礼义能施于教化的编辑起来，最早的追述殷始祖契、周始祖后稷（《诗经·商颂》《诗经·周颂》），其次是叙述殷、周两代之盛，直到周幽王、周厉王之缺（《诗经·颂》《诗经·雅》），以《关睢》为《国风》第一篇；《鹿鸣》为《小雅》第一篇；《文王》为《大雅》第一篇；《清庙》为《颂》第一篇。
是为孔子“删诗说”，今本《诗经》共三百零五篇，这些诗作都配合音乐舞蹈，可以演奏歌唱，合于《韶》、《武》、《雅》、《颂》这些乐曲的音调。孔子强调音乐的作用，“三百五篇孔子皆弦歌之”、“礼乐自此可得而述，以备王道，成六艺。”孔子希望删作《诗经》以使先王的礼乐制度恢复旧观而得以称述，王道也因此完备，孔子完成了《诗》、《书》、《乐》、《易》、《春秋》的编修。
孔子晚年喜欢钻研《周易》，作易之十翼，谓上彖、下彖、上象、下象、上系、下系、文言、序卦、说卦、杂卦。他详细解释了《彖》、《系》、《说卦》、《文言》等。孔子读《周易》非常刻苦，所谓韦编三绝。孔子说，如果我能再多活数年的话，我对《周易》的文辞和义理就能更充分地理解了。
孔子用《诗》、《书》、《礼》、《乐》作教材教授弟子，弟子约有三千人，其中精通礼、乐、射、御、书、数这六种技艺的有七十二人。至于七十二人以外，像颜浊邹那样某方面受过孔子教诲而没有正式入籍的就更多了。
孔子以四教：文，行，忠，信。绝四：毋意，毋必，毋固，毋我。所慎：齐，战，疾。子罕言利与命与仁。不愤不启，举一隅不以三隅反，则弗复也。孔子与人言，必待其人心愤愤，口悱悱，乃后启发为说之，如此则识思之深也。说则举一端以语之，其人不思其类，则不重教也。其于乡党，恂恂似不能言者。其于宗庙朝廷，便便言，唯谨尔。朝，与上大夫言，訚訚如也（中正之貌也）；与下大夫言，侃侃如也（和乐貌）。
鱼馁，肉败，割不正，不食。席不正，不坐。食于有丧者之侧，未尝饱也。是日哭，则不歌。见齐衰、瞽者，虽童子必变。三人行，必得我师。德之不修，学之不讲，闻义不能徙，不善不能改，是吾忧也。使人歌，善，则使复之，然后和之。子不语：怪，力，乱，神。
子贡曰：“夫子之文章，可得闻也。夫子言天道与性命，弗可得闻也已。”颜渊喟然叹曰：“仰之弥高，钻之弥坚。瞻之在前，忽焉在后。夫子循循然善诱人，博我以文，约我以礼，欲罢不能。既竭我才，如有所立，卓尔。虽欲从之，蔑由也已。”达巷党人曰：“大哉孔子，博学而无所成名。”孔子自言，因不见用，故多能也。
鲁哀公十四年，鲁狩猎于大野。给叔孙氏驾车的鉏商猎获一兽，以为不祥之兆。孔子看了后说此为麟也。孔子说，黄河上再不见神龙负图，洛水上再不见神龟负洛书，吾已矣夫！颜渊去世，孔子说，“天丧予！”及西狩见麟，曰：“吾道穷矣！”喟然叹曰：“莫知我夫！”子贡曰：“何为莫知子？”子曰：“不怨天，不尤人，下学而上达，知我者其天乎！”
子曰：“弗乎弗乎，君子病没世而名不称焉。吾道不行矣，吾何以自见于后世哉？”乃因史记作春秋，上至隐公，下讫哀公十四年，十二公。据鲁，亲周，故殷，运之三代。约其文辞而指博。故吴楚之君自称王，而春秋贬之曰“子”；践土之会实召周天子，而春秋讳之曰“天王狩于河阳”：推此类以绳当世。贬损之义，后有王者举而开之。春秋之义行，则天下乱臣贼子惧焉。孔子曰：“后世知丘者以春秋，而罪丘者亦以春秋。”
明岁，子路死于卫。孔子病，子贡请见。孔子方负杖逍遥于门，曰：“赐，汝来何其晚也？”孔子因叹，歌曰：“太山坏乎！梁柱摧乎！哲人萎乎！因以涕下。”谓子贡曰：“天下无道久矣，莫能宗予。夏人殡于东阶，周人于西阶，殷人两柱间。昨暮予梦坐奠两柱之间，予始殷人也。”后七日卒。孔子享年七十三岁，死于鲁哀公十六年（前）四月己丑日。
孔子葬鲁城北泗上，弟子皆服三年。三年心丧毕，相诀而去，则哭，各复尽哀；或复留。唯子赣庐于冢上，凡六年，然后去。弟子及鲁人往从冢而家者百有余室，因命曰孔里。鲁世世相传以岁时奉祠孔子冢，而诸儒亦讲礼乡饮大射于孔子冢。孔子冢大一顷。故所居堂弟子内，后世因庙藏孔子衣冠琴车书，至于汉二百余年不绝。汉高祖刘邦过鲁，以太牢祠焉。诸侯卿相至，常先谒然后从政。
孔子生鲤，字伯鱼。孔子年十九，娶于宋之并官氏之女，一岁而生伯鱼。伯鱼之生，鲁昭公使人赠之鲤鱼。夫子荣君之赐，因以名其子也。伯鱼年五十，先孔子死。伯鱼生伋，字子思，年六十二。尝困于宋，子思作中庸，子思冢在孔子冢南，大小相望。子思生白，字子上，年四十七。子上生求，字子家，年四十五。子家生箕，字子京，年四十六。子京生穿，字子高，年五十一。子高生子慎，年五十七，尝为魏相。
子慎生鲋，年五十七，为陈王涉博士，死于陈下。鲋弟子襄，年五十七。尝为孝惠皇帝博士，迁为长沙太守。长九尺六寸。子襄生忠，年五十七。忠生武，武生延年及安国。安国为汉武帝博士，至临淮太守，早卒。安国生卬，卬生驩。以上至司马迁作《史记》时。
太史公曰：诗有之：“高山仰止，景行行止。”虽不能至，然心向往之。余读孔氏书，想见其为人。适鲁，观仲尼庙堂车服礼器，诸生以时习礼其家，余祗回留之不能去云。天下君王至于贤人众矣，当时则荣，没则已焉。孔子布衣，传十余世，学者宗之。自天子王侯，中国言六艺者折中于夫子，可谓至圣矣！
正是：千年礼乐归东鲁；万古衣冠拜素王。