李贽认为，心相不是真正的心，如果将心相与感觉错认为是心，就是自我迷惑。本心是不能言传的，所以李贽没有正面表达“本心”的含义，但是从整个文字上来看，他所谓的“本心”就是产生精神现象的人的主体能力和进行意识活动的人的本质力量，而心相完全是意识中的内容。本心真实而不可欺，就在于它是每个人真正的想法和属于自己的标准，只是它被世俗这回湮没，它只要有机会存在，就会在一定程度上影响人的思想。“本心”也有个人主见的意思，李贽认为世俗不是真正的能辨别美丑，而是习惯和经验的作用，所以世俗以为的定论，不一定是真的，只有察其本心，才能真正了解一个人的想法。
因为人的本心是随心所欲的，容易受外界的影响迷惑自己，在日常中人们容易被各种自己想象出的事物所烦扰，所以《中庸》中的思想可以让人的本心平静，思想专一。在解释《中庸》时，李贽对修身以达德、达道的做了重点解读。修身即是对本心的修炼，只有具备了“位育的条目戒惧的方法”才能控制本心，以达到修身“治人”、“治天下国家”。
发用之心。本心是“未发”的，是主体精神的本性，是精神本身和精神的无限可能性。作为主体的精神自然会一直处于活动的过程之中，这也就是宋明理学讨论的“已发”。本心中的“已发”内容非常丰富。人的内心世界需要多种表达方式，心与心表达方式的一致性使人的交流成为可能。这里的发用之心与李贽的“童心说”相一致。李贽对于儒家经典的大部分都呈轻视态度，其曾说道：“《六经》《语》《孟》，非其史官过为褒崇之词，则其臣子极为赞美之语，又不然，则其迂阔门徒、懵懂弟子，记忆师说，有头无尾，得后遗前，随其所见，笔之于书。后学不察，便谓出自圣人之口也，决定目之为经矣，孰知其大半非圣人之言乎？”他唯独对《中庸》中的内在义理深表赞同，并将《中庸》的章节进行自己的理解，用病状和药房的方式表达：“拈一病，下一药，乃见圣贤苦心。”
心得“发用”也表示“立志”思想，就是要吃得苦才可乐，愿望必须强烈。然而也不能仅仅满足于精神的胜利，还要付诸行动。前因具备才能造成后果，就必须将心愿化为行动。如心愿不转化为行动，就无法构成前因，所以也就没有满足心愿的结果产生。在李贽看来，无论是动机与效果的统一问题，还是动机不可知问题，都可以用因果律问题解决。因果转化是一种循环，认识了解因果律，也就知道了报恩施恩的道理。就是要自己播种，自己收获，无需别人给与；自己作为，自己承受，又有谁能够抗拒呢。如果做一件善事，就不要光说不干；如果还未曾做，就从现在开始行动。一旦付诸行动，动机的真实性也就明了。这是李贽哲学思想关于“心”的又一层含义。
李贽所总结的“发用之心“其实是一种方法，如《中庸》中第十八章提到的：“践其位，行其礼，奏其乐；敬其所尊，爱其所亲；事死如事生，事亡如事存；孝之至也。郊社之礼，所以事上帝也；祖庙之礼，所以祀乎其先也。明乎郊社之礼，谛尝之义，治国其如示诸掌乎！”就是一种治国之策，此篇中的方法与“发用之心”是相联系的，李贽称其为“传神写照处”真心。“心”的第三种含义就是用真心来对待世间万物。这种心态不涉及人们之间的利益，只是主体精神世界的一种自由的表达。这是心灵美的表现。内心世界可以通过不同的方式和途径表达，这种观点与艺术相关联，将人的内心世界与艺术结合起来，表现主体中心的意义世界，那是主体自由的精神世界，而这种表现，不是自然的流露，而是一种主体的本质的力量，这种力量创造发挥，这就是主体性哲学的艺术观。
“真心”在《中庸》中提到的次数很多，不少人在为《中庸》作疏注的时候都阐发过有关“真心”的思想。不少儒学家认为“诚即为真心”。在李贽看来，真心不是感觉到的对象，而是感知能力。有真心才会有感觉，而真心无法通过经验、知识认识到它的存在。感觉的过程的展开才是实际印证真心的存在，李贽曾说：“感为真理，何待于言；感为真心，安能不动！天地如此，万物如此。不然，天下之动，几乎息矣。”
人所具有的感应能力就是真心，李贽所说的“真心”正是人所普遍具有的主体对外物的感知能力和感应过程。最后，李贽所说的“心”并不是空假的不合实际的，它还包括人的私欲。李贽论心，则将心还原为人的私心、利欲,说:“私者，人之心也。人必有私，而后其心乃见；若无私，则无心矣。”“趋利避害，人人同心。”
李贽“发用之心“：“践其位，行其礼，奏其乐；敬其所尊，爱其所亲；事死如事生，事亡如事存；孝之至也。郊社之礼，所以事上帝也；祖庙之礼，所以祀乎其先也。明乎郊社之礼，谛尝之义，治国其如示诸掌乎！”就是一种治国之策，此篇中的方法与“发用之心”是相联系的，李贽称其为“传神写照处”。
李贽关于“心”的解释在评《中庸》时并没有具体阐释，但是就其对修身治国的理解，将《中庸》理解为问题和方法的对照，就是体现了本体之心和发用之心。此外的真心也是修炼《中庸》之德的方法，通过“真心”达到“至诚”的最高境界。